中央组织部大权稳操在手之后，陈果夫开始向各级党部开刀。他以视察或指导工作为名，把组织部内顽固的反共分子陆续派往各地党部，联络组织反共分子，传达反共旨意，传授阴谋反共的方法。有的省份没能派人，便由对方派人到粤面授机宜，策动各级党部反共分子夺权。
在1927年上海工人第三次武装起义取得胜利的时候，蒋介石对共产党愈发仇视和害怕，也加快了“清党”的阴谋策划和部署。4月2日，陈果夫伙同吴稚晖等人提出所谓“弹劾”共产党案，并以中央监察委员会名义呈交国民党中央执行委员会，要求对各地共产党给予“非常之处置，救护非常之巨祸”，为蒋介石进行反革命活动制造舆论。4月9日，陈果夫又与吴稚晖等联名，以中央监察委员会名义发表了《护党救国通电》，对中国共产党大肆攻击，为蒋介石公开叛变革命做最后的政治准备。